Центр перспективных методов мезофизики и нанотехнологий МФТИ включает лаборатории МФТИ и Всероссийского научно-исследовательского института автоматики им. Н. Л. Духова.
На базе центра открыта Кафедра фундаментальной и прикладной физики микро- и наноструктур, дающая возможность магистрантам и аспирантам получать образование на базе Центра и вести научные исследования в лабораториях МФТИ и ВНИИА им. Н. Л. Духова.